在广袤安宁的原始森林中，快乐的蓝精灵们正在准备一年一度的蓝月亮节。而就在这欢喜忙碌的关头，他们的宿敌——邪恶的巫师格格巫（汉克·阿扎瑞亚 Hank Azaria 饰）和他的宠物阿兹猫闯入了蓝精灵的秘密领地。受到惊吓的蓝精灵四散而逃，其中可怜的笨笨（安东·尤金 Anton Yelchin 配音）则盲打误撞跑进了据说曾经死掉99个蓝精灵的瀑布进去。最终，笨笨连同营救他的蓝爸爸、蓝妹妹、聪聪等卷入了神秘的漩涡，来到了美国纽约的中央花园。在这个完全陌生的世界，他们得到化妆品业的帕特里克（尼尔·帕特里克•哈里斯 Neil Patrick Harris 配音）的帮助。为了返回大森林，蓝精灵们想尽各种办法。与此同时，格格巫和阿兹猫也来到纽约……